三箇はもと、入江野村・塙村・戸田村の三村であったが、明治7年三村が合祀し三箇村と改称した。
各村には、文政12年（1829）3月8日創建の愛宕神社（塙村）・天明6年（1786）創建の三島神社（戸田村）・創建不詳の温泉神社（入江野村）があったが、明治6年におのおの村社と定められ、大正3年1月20日現在地に合祀移転。
次いで、同4年2月18日村社三箇神社と改称した。
同7年7月5日指定村社となり、同年9月15日神饌帛料指定村社となる。
平成14年10月台風21号の被害を受け、同16年3月社殿を改築した。